Türk dış politikasında son dönemde meydana gelen değişim, akademik çevrelerde özellikle Ortadoğu coğrafyasına karşı yeni bir ilgi uyandırmıştır. Buna rağmen üniversitelerimizde Ortadoğu'ya odaklanan enstitü ve programların sayısı bu alana gösterilen ilgiyi karşılamaktan uzaktır. Diğer yandan Ortadoğu ile yakın bağlar kurmaya başlayan Türk dış politika yapımcılarına alternatif sunabilmek için, bölgeyi siyasi, ekonomik ve kültürel olarak analiz eden çalışmalar yapılması gerekmektedir.

Öte yandan ülkemizde bölge üzerine yapılan araştırmalar sadece akademik nitelikte kalmakta pratik anlamda araştırma/araştırmacı eksikliği de en önemli noksanlıklardan birisi olarak dikkat çekmektedir. Dolayısıyla bu program, bölge üzerine daha fazla çalışma yapılabilmesi ve araştırmacı eksikliğinin azaltılabilmesi amacıyla 2011 yılında açılmıştır. Özellikle, 2011 yılında başlayan Arap dünyasındaki siyasi gelişmeler ve değişimler de bu programın açılma gerekliliğini ortaya koymakta ve 2012-2013 eğitim-öğretim yılının başında açılan Yüksek Lisans programının ardından, 2013-2014 eğitim-öğretim yılı başında da Doktora alanında eğitime başlanması daha fazla önem kazanmaktadır.

Ortadoğu Çalışmaları Lisansüstü Programında eğitimini tamamlayacak öğrenciler beş ana araştırma konusu etrafında uzmanlaşma imkanına sahip olacaklardır. Bu araştırma alanları; Ortadoğu Tarihi, Ortadoğu'da Din ve Toplum, Ortadoğu'da Ekonomi, Ortadoğu Dış Politikası ve Ortadoğu Siyasetidir. Doktora programında eğitim Türkçe, İngilizce ve Arapça olmak üzere üç dilde yapılacaktır. Doktora tezleri ise İngilizce ve/veya Türkçe yazılacaktır. Böylelikle programda farklı kültürlerden öğrencilerin bir arada bulunmasının yanı sıra farklı dillerde çalışmalar yapılması hedeflenmektedir.

Programdan mezun olma süresi sekiz dönem olmakla birlikte bu süre içinde mezuniyet başarısı gösteremeyen öğrenciler için ekstra dört dönem uzatma hakkı verilmektedir. Doktora programında öğrencilerin tez yazım aşamasına geçebilmeleri için öncelikle minimum sekiz dersten başarılı olmaları ve ardından yapılacak olan doktora yeterlilik sınavından başarılı olmaları gerekmektedir. Tez dönemine geçen öğrenciler program dillerinden herhangi biri ile tez çalışmasını tamamlayabilirler.